인류는 우주로 진출한 근미래에서도 계속된 분쟁을 겪고 있는데, 이는 기존의 '내츄럴' 인류와 유전자 조작으로 태어난 신인류인 '코디네이터' 사이의 갈등이다. 이에 인류는 라크스 클라인을 총재로 추대하여 '컴퍼스'라는 범세계적 평화기구를 설립한다. 라크스의 동료인 키라 야마토, 신 아스카 등은 인간형 거대 기동 병기인 '모빌슈트'를 타고 우주의 평화를 위해 싸움에 나선다. 그러던 중 신흥국 '파운데이션'이 무력 단체인 '블루 코스모스'를 함께 제압하자는 제안을 컴퍼스에 제시하고, 이를 수락한 키라와 동료들은 예상치 못한 상황에 직면하게 된다.
이 작품의 핵심 주제는 이전 작품과 크게 다르지 않다. 정부가 전 인류의 유전자 정보를 통합 관리하여 인류의 절대적인 평화를 이루겠다는 '데스티니 플랜'의 추종자들이 다시금 키라를 위협하는 주인공들과의 싸움을 다루고 있다. 이 작품은 전작의 톤과 매너를 그대로 이어받아 36년 만에 나온 후속작이지만, <탑건: 매버릭>과 같이 이전 시리즈의 장단점이 그대로 드러나고 있다. "난 내 손으로 미래를 선택하겠어!"라는 단순한 대사와 함께 전개되는 건담의 호쾌한 전투는 여전히 매력적이다.